进入镰仓时代，按照习惯地方领主的土地由长子继承，次子及其他儿子要开拓新土地，这些人到达一个新地方后，就取一个地名，也将此当作苗字，比如开垦的土地靠近山脉就取名「山本」或「山田」，靠近河流的上游就取名「川上」或「上田」，这样一来因领主分家导致一大批以地名为的苗字出现。
此时，下级武士也效仿领主纷纷取苗字，见人以苗字自报家门，日本人的姓氏就逐渐膨胀起来。另外，农民为保护自己的土地，许多村落组织了小规模的武装，这些村落的农民也继承了祖先的苗字。
因此，通过日本人的姓氏就可以判断出他们祖先的职业，比如姓氏中有田、山、野、川等基本来自农村，而向东条、南条、十三条等姓氏的人，他们的祖先大多数居住在城里，以工商业者居多。而犬养、猪饲等形式，他们的祖先应该是畜牧业者。
等到倭国进入战国时代，日本开始实施兵农分离，武装力量的分工更清晰。士农工商的身份制度开始固定下来，由于等级制度森严，苗字问题也显现出来，因为普通人不能随便使用苗字。
也就是说，此时平民虽然继承了祖先的苗字，但是不能在公共场合自报苗字。而江户时代更严格的规定，农民、渔民、工商业者不能在宗门人别账（类似登记户籍）和奉行所等官方文件上使用苗字，只允许使用名字。不过，平民去神社祈福时可以向神明自报苗字。
明治维新后，日本为追赶西方，积极学习西方，很多方面要与西方国家接轨，在近代化进程中，日本政府发现平民没有姓只有名字非常不便，比如男性都叫「太郎」、「次郎」，很难分辨是哪个人。
而且，日本推出「富国强兵」的国策后，需要大量征兵，积极准备对外扩张。征兵、征税、户籍等方面都需要详细的数据，于是明治天皇颁布了《平民苗字容许令》，规定之前不配拥有姓氏的所有日本的平民现在都可以拥有姓氏。
可惜老百姓对这项规定基本无感，毕竟江户时代几百年都不需要姓氏，百姓也习惯了只有名字没有姓氏的生活。明治政府发现推出的政策没有实际的作用，于是1875年又颁布了《苗字必称令》，规定每个人都必须在名前取一个苗字，普通百姓便纷纷在名字前冠以苗字，在此之后苗字也被称为姓氏了。