在阿特兰之中制造异变的生物……
那些被称为‘脑灵’的生物。
队长和别的队员揭发了那些被脑灵寄生的阿特兰，实际上许多的事件，都是这些脑灵在里面进行‘搞鬼’造成的。
但是，被脑灵寄生的阿特兰并不多，它们一般只是寄生那些最高层的目标。它们让这些高层去‘煽动’别的阿特兰，制造出内部的问题和冲突。
最后的目标，就是让阿特兰陷入内战之中。
和它们进行讨论是没有任何意义的，一个脑灵不会通过言语被发现，所以，队长采用了直接的方式——找出脑灵，然后把它和宿主杀掉。
队长称这是从地下获得的，探测脑灵的技术，而它们的确利用这个技术找到了脑灵，并且成功地解决掉了它们。
在解决了大部分脑灵之后。队长再次站出来，把这个事情公布了出去，同时平缓了许多的问题……
虽然这件事也一样不可思议，但是队长的确解决了问题，所以许多阿特兰愿意相信他。
在这之后……阿特兰再次恢复到平静之中。
不过队长不认为真的平静到来了，它组建起了新的技术团队，制造出了更多的东西，并且成功地预测到了……
让它们内战失败的脑灵，决定直接侵略它们。
于是，后面的战争就展开了。而在战争之前，队长就开始了避难所的建造计划，这个计划，最初被认为是不可能实现的。或者被认为没有任何用处，甚至脑灵侵略也一度被认为是荒谬之事。
但是，队长十分地坚持，为了实行这个计划，进行了许多方面的努力。
最后，它们总算说服了大部分的阿特兰。开始建造地下避难所计划。
曾经被封锁已久的地下，又再度打开了，阿特兰在世界各地的地下建造起了避难所，避难所有着统一的编号，并且能容纳数千阿特兰在里面居住。
但是阿特兰的数量太多，避难所的数量不够，这就意味着，有相当多的阿特兰无法进去。
它们，只能在在脑灵的轰鸣之下，阿特兰的城市灰飞烟灭……但也有许多的阿特兰们隐藏到了地下，它们依赖着避难所立的生活用品活了下去。
这也包括当初的队长，它继续指挥着，联络-->>