霞斥责其抢夺别人的神奇宝贝的行径，小智也称它的这种行为是犯规。
但它却表示，它只是为了制造出更强的分身，并操纵更多的超梦球去收服小智等人的神奇宝贝，小智等人只得逃跑，海男、空男、小甜的神奇宝贝相继被它收服，小智在逃跑的过程中急中生智，将他的杰尼龟、妙蛙种子收回精灵球里，可超梦球竟然连同精灵球一起将神奇宝贝收服了。
最终，小智等人的神奇宝贝均被制造出分身，为救皮卡丘的小智也阴差阳错的来到制造复制神奇宝贝的房间。
超梦见自己已经达到目的，打算放众人离去，但不保证他们能平安穿越暴风雨。
这时，小智率领先前被超梦球收服的原型神奇宝贝们再次来到超梦面前，超梦见小智放走了这些神奇宝贝也十分愤怒。
小智出拳攻击超梦，全部被它防住，从这里也不难看出，作为超级真信人的小智有多么恐怖，连超梦都不敢硬接下小智的攻击。
它使用念力欲将小智击飞，梦幻及时现身使用屏障救下小智，并表示要和他玩耍。而注意到了梦幻的超梦脑海中的记忆碎片再次闪过，混乱的它率先发起攻击，因为它认为最强的自己才是真正的本尊。
为了和梦幻一决胜负，超梦不断发起攻击，起初梦幻只是不停地闪躲，直到被超梦的暗影球击中之后，梦幻终于开始反击，这场对战最终演变成了所有本尊和复制神奇宝贝的战争。
不忍心看到双方互相残杀的小智等人认为只有让超梦和梦幻停战，才能终止这场战争，于是小智冲到了它们中间承受了双方的攻击，真不愧是肉身成神的存在，居然敢硬吃两只神兽的攻击，虽然阻止了它们的对战，但是小智却因此变成了石像。
不过小智的举动感动了在场的神奇宝贝，无论是本体还是分身，纷纷为他留下了眼泪，这些眼泪化成一股神秘力量洒在小智身上，将他唤醒。
在小智被神奇宝贝们的泪水唤醒后，超梦明白了生命的意义，认为复制神奇宝贝的存在还不该被世人知道。最后，超梦和梦幻带着所有复制神奇宝贝飞向远方，寻找一个属于它们的地方，并消除了小智等人的记忆。
前世神奇宝贝的剧情在自己脑海里过了一遍，从超梦对待乔伊小姐的情况来看，娜姿应该没有什么生命危险，不过事无绝对，因为自己的出现，剧情已经发生变化，所以这一趟新岛之-->>